1951年云南民族学院成立后，学院校医务室成立。云南民族大学医院是2001年由昆明市卫生局核准设立的非营利性医院，地址在昆明市一二一大街134号及呈贡雨花云南民族大学校内。其中莲华校区建筑面积1200多平米；雨花校区医院建筑面积5000多平米，现设有云南民族大学校内（莲华校区和雨花校区）两个执业地点。职工数为54人，其中副高职称医师6人，主治医师8人、医师8人；主管护师4人、护师4人、护士11人；检验师2人；药剂师3人、外请专家4人（副主任医师）。设置预防保健科、呼吸内科专业、消化内科专业、心血管内科专业、老年病专业、外科专业、口腔内科专业、正畸专业、临床体液、血液专业、临床生化检验专业、临床免疫、血清专业、X线诊断专业、超声诊断专业、心电诊断专业、中医内科专业、骨伤科专业、肛肠科专业、针灸科专业、康复医学专业等专业的综合医院。现实际开展科室有：临床内科、临床外科、口腔科、妇产科、眼科门诊、颈腰椎专科、针灸推拿科、中医科、彩色B超室、放射科、检验科、门诊急诊、药房等，覆盖我校师生及周边居民的医疗保障及医疗诊治。医院开通了城镇居民基本医疗保险系统、大学生医保系统，并在2017年初开通了“慢性病定点医疗机构”及 “省医疗照顾人员就诊医疗机构”。医院基础设施有床位50张；牙椅3张；医疗设备有：数字X线摄影系统（DR）；12道心电图机；全自动生化仪；电解质仪；血球仪；彩色B超机；激光治疗仪；颈、腰椎牵引仪及相关科室配置设备。

多年以来，医院坚持“以人为本”的理念，贯彻“一切以病人为中心”的服务宗旨，为广大师生员工提供便捷、价廉、优质的医疗服务。医院对大学生医疗保险各项工作管理规范，保障了大学生医疗保险待遇的实现。医院通过云南省医保中心的综合评定，2009年获得昆明市委颁发的“计划生育先进集体”称号；2010年被省教育厅授予“2003－2008年度高校后勤先进集体”、被省工会授予“工人先锋号”2012、2013、2014、2015、2016、2017、2018学年省属在昆高校大学生医疗保险工作先进单位。